Dinas Kelautan dan Perikanan (DKP) Kabupaten Kulon Progo merupakan organisasi perangkat daerah hasil penataan kelembagaan yang dilaksanakan pada tahun 2016 dan secara resmi berdiri 2 Januari 2017.

Dinas Kelautan dan Perikanan Kabupaten Kulon Progo dibentuk berdasarkan Peraturan Daerah Kabupaten Kulon Progo, Nomor 14 Tahun 2016 kemudian diperbaharui dengan Peraturan Bupati Kulon Progo Nomor 120 Tahun 2021 tentang Pembentukan dan Susunan Perangkat Daerah, mempunyai fungsi penyelenggaraan urusan pemerintahan bidang kelautan dan urusan pemerintahan bidang perikanan. Untuk menyelenggarakan fungsi sebagaimana dimaksud, Dinas Kelautan dan Perikanan mempunyai tugas :

1. 1. penyusunan perencanaan dan program kerja Dinas;
   2. penyusunan dan perumusan kebijakan di bidang kelautan dan perikanan;
   3. pengoordinasian dan pelaksanaan kebijakan bidang pemberdayaan nelayan kecil dan pengelolaan pelelangan ikan;
   4. pengoordinasian dan pelaksanaan kebijakan bidang pembudidayaan ikan;
   5. pengoordinasian dan pelaksanaan kebijakan bidang pengembangan usaha perikanan;
   6. pelaksanaan administrasi kesekretariatan Dinas;
   7. pengoordinasian pelaksanaan reformasi birokrasi;
   8. pengoordinasian pelaksanaan pemantauan, pengendalian, evaluasi dan penyusunan laporan pelaksanaan tugas Dinas; dan
   9. pelaksanaan fungsi lain yang diberikan oleh atasan berkaitan dengan tugasnya.

Susunan Organisasi Dinas terdiri dari :

1. Kepala;
2. Sekretariat, terdiri dari :
3. Sub Bagian Umum dan Kepegawaian;
4. Sub Bagian Perencanaan dan Keuangan;
5. Bidang Pemberdayaan Nelayan Kecil dan Pengelolaan Pelelangan Ikan, terdiri dari :
6. Kelompok Substansi Pemberdayaan Nelayan Kecil;
7. Kelompok Substansi Sarana Prasarana Nelayan Kecil dan Pelelangan Ikan;
8. Bidang Pembudidayaan Ikan, terdiri dari;
9. Kelompok Substansi Produksi Pembudidayaan Ikan;
10. Kelompok Substansi Kesehatan Ikan dan Lingkungan Budidaya;
11. Bidang Pengembangan Usaha Perikanan, terdiri dari :
12. Kelompok Substansi Bina Usaha Perikanan;
13. Seksi Bina Usaha Perikanan;
14. Kelompok Jabatan Fungsional Tertentu;
15. Unit Pelaksana Teknis Dinas.